A global ocean atlas of eukaryotic genes - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2018

A global ocean atlas of eukaryotic genes

Quentin Carradec (1) , Eric Pelletier (1) , Corinne da Silva (2) , Adriana A. Alberti (3, 4) , Yoann Seeleuthner (4, 3) , Romain Blanc-Mathieu (5) , Gipsi Lima-Mendez (6) , Fabio Rocha (7) , Leila Tirichine (7) , Karine Labadie (3, 4) , Amos Kirilovsky (7, 3, 4) , Alexis Bertrand (2) , Stefan Engelen (2) , Mohammed-Amin Madoui (2) , Raphaël Méheust (7) , Julie Poulain (3, 4) , Sarah Romac (8) , Daniel Richter (9, 8) , Genki Yoshikawa (5) , Céline Dimier (7, 8) , Stefanie Kandels-Lewis (10) , Marc Picheral (11) , Sarah Searson (12) , Olivier Jaillon (3, 4) , Jean-Marc Aury (2) , Eric Karsenti (7) , Matthew Sullivan (13) , Shinichi Sunagawa (14) , Peer Bork (14) , Fabrice Not (15, 8) , Pascal Hingamp (16) , Jeroen J. Raes (6) , Lionel Guidi (11) , Hiroyuki Ogata (17, 5) , Colomban de Vargas (18, 8) , Daniele Iudicone (19) , Chris Bowler (7) , Patrick Wincker (1) , Jean Weissenbach (3, 4)
1 UMR 8030 - Génomique métabolique
2 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 JACOB - Institut de Biologie François JACOB
5 Institute for Chemical Research, Kyoto University
6 KU Leuven - Catholic University of Leuven = Katholieke Universiteit Leuven
7 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
8 ADMM - Adaptation et diversité en milieu marin
9 Hasso Plattner Institute [Potsdam, Germany]
10 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
11 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
12 UH - University of Hawai'i [Honolulu]
13 OSU - The Ohio State University [Columbus]
14 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
15 DIPO - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
16 MIO - Institut méditerranéen d'océanologie
17 Kyoto University
18 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
19 SZN - Stazione Zoologica Anton Dohrn
Quentin Carradec
Génomique métabolique
Eric Pelletier
Connectez-vous pour contacter l'auteur
Génomique métabolique
Corinne da Silva
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Adriana A. Alberti
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB
Yoann Seeleuthner
Institut de Biologie François JACOB
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Romain Blanc-Mathieu
Institute for Chemical Research, Kyoto University
Gipsi Lima-Mendez
  • Fonction : Auteur
Catholic University of Leuven = Katholieke Universiteit Leuven
Fabio Rocha
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Leila Tirichine
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Karine Labadie
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB
Amos Kirilovsky
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB
Alexis Bertrand
  • Fonction : Auteur
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Stefan Engelen
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1322751
  • IdHAL : sengelen
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Mohammed-Amin Madoui
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Raphaël Méheust
Institut de biologie de l'ENS Paris
Julie Poulain
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB
Sarah Romac
  • Fonction : Auteur
Adaptation et diversité en milieu marin
Daniel Richter
Hasso Plattner Institute [Potsdam, Germany]
Adaptation et diversité en milieu marin
Genki Yoshikawa
  • Fonction : Auteur
Institute for Chemical Research, Kyoto University
Céline Dimier
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Adaptation et diversité en milieu marin
Stefanie Kandels-Lewis
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
Marc Picheral
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
Sarah Searson
  • Fonction : Auteur
University of Hawai'i [Honolulu]
Olivier Jaillon
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB
CV
Jean-Marc Aury
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Eric Karsenti
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Matthew Sullivan
The Ohio State University [Columbus]
Shinichi Sunagawa
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
Peer Bork
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
Fabrice Not
Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
Adaptation et diversité en milieu marin
Pascal Hingamp
Institut méditerranéen d'océanologie
CV
Jeroen J. Raes
  • Fonction : Auteur
Catholic University of Leuven = Katholieke Universiteit Leuven
Lionel Guidi
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
CV
Hiroyuki Ogata
Kyoto University
Institute for Chemical Research, Kyoto University
Colomban de Vargas
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Adaptation et diversité en milieu marin
CV
Daniele Iudicone
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 852646
Stazione Zoologica Anton Dohrn
Chris Bowler
Connectez-vous pour contacter l'auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
CV
Patrick Wincker
Connectez-vous pour contacter l'auteur
Génomique métabolique
CV
Jean Weissenbach
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 911249
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Institut de Biologie François JACOB

Résumé

While our knowledge about the roles of microbes and viruses in the ocean has increased tremendously due to recent advances in genomics and metagenomics, research on marine microbial eukaryotes and zooplankton has benefited much less from these new technologies because of their larger genomes, their enormous diversity, and largely unexplored physiologies. Here, we use a metatranscriptomics approach to capture expressed genes in open ocean Tara Oceans stations across four organismal size fractions. The individual sequence reads cluster into 116 million unigenes representing the largest reference collection of eukaryotic transcripts from any single biome. The catalog is used to unveil functions expressed by eukaryotic marine plankton, and to assess their functional biogeography. Almost half of the sequences have no similarity with known proteins, and a great number belong to new gene families with a restricted distribution in the ocean. Overall, the resource provides the foundations for exploring the roles of marine eukaryotes in ocean ecology and biogeochemistry.

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Citer

Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana A. Alberti, Yoann Seeleuthner, et al.. A global ocean atlas of eukaryotic genes. Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩. ⟨cea-01874711⟩

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