Le développement de la coopération inter-entreprises est un enjeu majeur des politiques gouvernementales de soutien à la compétitivité économique. Afin d'optimiser la diffusion et l'impact de ces politiques, les pouvoirs publics déploient des dispositifs spécifiques au sein desquels les universités peuvent avoir une place centrale. Si ces dernières ont toute légitimité d'être actives dans le cadre de dispositifs de soutien à l'innovation ou au transfert de technologies, il semble moins naturel de les impliquer pour des opérations en dehors de ces champs. Nous présentons les enseignements issus d'une étude de cas longitudinale sur un programme de coopération inter-entreprises déployée dans un Etat au sud du Brésil par le biais d'un partenariat entre le gouvernement et des universités communautaires en charge de sa mise en oeuvre opérationnelle. En nous inscrivant dans une perspective relationnelle, nous analysons les déterminants de ce partenariat afin d'identifier les rentes relationnelles produites par les réseaux de PME construits en véritables écosystèmes territoriaux : l'accès à la communauté et la propagation. Nous démontrons que ces rentes sont confrontées à des obstacles, constituant de fait des pertes relationnelles à minimiser afin d'optimiser l'efficacité de la politique publique poursuivie : l'inflexibilité ainsi que la distance par rapport à la cible.